Foi na fazenda São Francisco, de propriedade de Manoel Alves Cassiano, que Aguiar se desenvolveu. Em 1880, conta a história, que uma epidemia de cólera ameaçava a fazenda as pessoas que moravam por lá fizeram uma promessa à São Sebastião: se a doença não atingisse suas famílias, construiriam uma capela ao santo, escolhendo - o como padroeiro. A graça foi alcançada e a promessa cumprida. O prorietário da fazenda fez a doação do terreno para o patrimônio religioso e a capela.

Em virtude do rio do mesmo nome, que atravessa suas terras, Aguiar foi palco de grandes plantações de algodão e suas feiras eram alvo de inveja na região.

O distrito foi criado pela lei municipal nº 17, de 7 de janeiro de 1896, subordinado ao município de Piancó, com a denominação de São Francisco Aguiar. O nome foi alterado para Aguiar pelo decreto-lei estadual nº 1164, em 1938.

A independência administrativa ocorreu em 22 de dezembro de 1961. Sua instalação oficial foi a 28 de outubro de 1962.